ブタインフルエンザ（H1N1亜型）は「新型インフルエンザ等感染症」として取り扱う。
新型インフルエンザ - 新たに人から人に伝染する能力を有することとなったウイルスを病原体とするインフルエンザであって、一般に国民が当該感染症に対する免疫を獲得していないことから、当該感染症の全国的かつ急速なまん延により国民の生命及び健康に重大な影響を与えるおそれがあると認められるもの
再興型インフルエンザ - かつて世界的規模で流行したインフルエンザであってその後流行することなく長期間が経過しているものとして厚生労働大臣が定めるものが再興したものであって、一般に現在の国民の大部分が当該感染症に対する免疫を獲得していないことから、当該感染症の全国的かつ急速なまん延により国民の生命及び健康に重大な影響を与えるおそれがあると認められるもの
疑似症患者であって当該感染症にかかっていると疑うに足りる正当な理由のあるものも、患者とみなされ、法で定める強制措置の対象となる。
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既に知られている感染性の疾病（一類感染症、二類感染症、三類感染症及び新型インフルエンザ等感染症を除く。）であって、法で定める強制措置によらなければ当該疾病のまん延により国民の生命及び健康に重大な影響を与えるおそれがあるものとして政令で定めるものをいう。
現在指定されている疾病はない。トリインフルエンザ（H5N1型に限る）は、2006年6月12日から2008年6月11日の間指定感染症として指定され、その後法改正により二類感染症となる。
人から人に伝染すると認められる疾病であって、既に知られている感染性の疾病とその病状又は治療の結果が明らかに異なるもので、当該疾病にかかった場合の病状の程度が重篤であり、かつ、当該疾病のまん延により国民の生命及び健康に重大な影響を与えるおそれがあると認められるものをいう。
都道府県知事は以下の措置ができる。保健所設置市は市長が、特別区は区長がする（64条1項）。